У Федорова был помощник, тоже знакомый с делом печатания книг, Петр Тимофеев Мстиславцев, и вот они вдвоем принялись за печатание книги «Апостол». После нескольких месяцев усердной работы, 1-го марта 1564 г., эта первая напечатанная в Москве русскими печатниками книга была представлена царю.
Сам царь Иван Грозный отнесся к новому делу и к ее печатнику очень милостиво. Но у Федорова явились многочисленные враги, которые стали обвинять его в ереси. Главными врагами его были переписчики, видевшие в типографии опасную для себя соперницу. Они до такой степени возмутили чернь, что она разграбила и сожгла типографию, а самого Федорова заставила бежать в Литву. Там он на шел покровителя в лице князя Григория Александровича Ходкевича и на средства, доставленные последним, устроил, вместе со своим помощником Мстиславцевым, в местечке Заблудове небольшую типографию, в которой продолжал дело печатания богослужебных книг. В Заблудове Федорову удалось однако напечатать одну только книгу, так как князь Ходкевич вскоре отказался от дальнейшего покровительства и посоветовал Федорову заняться земледелием. Но последний не принял этого предложения. «Не удобно мне было, – писал он, – проводить время своей жизни за ралом, заниматься сеянием семян житных: духовные семена должен я рассевать по вселенной, духовную пищу раздавать всем по чину; не рало у меня в руках, а художество». Движимый сознанием своего высокого долга, Федоров уехал от Ход кевича во Львов, несмотря на отдаленность пути и на свирепствовав шую тогда смертность от «презельного поветрия». Направился же он во Львов с намерением продолжать там заниматься печатанием книг. Но на первых порах бедному печатнику пришлось бороться с множеством препятствий, прежде чем он получил деньги на устройство типографии. Кое-как, наконец, на доброхотные подаяния нескольких духовных лиц и небогатых граждан Львова, он открыл свою «друкарню», т. е. типографию и напечатал книгу «Апостол», совершенно сходную с московским изданием. Экземпляры этой книги стали появлять ся вскоре в продаже. Книжных лавок тогда еще не было, и книги про давались разными аптекарями, сидельцами и пр.
Очевидно, сам Федоров от продажи книг получал немного, потому что ему пришлось вскоре заложить свою типографию и уехать во владения князя Константина Константиновича Острожского, который слыл ревнителем православия. После 1581 г. Федоров снова вернулся во Львов, где и скончался 5 декабря 1583 года в нищете, оставив массу долгов.